Die Mühle wurde im Februar 1831 von dem Lohgerber Martin Biehl als Lohmühle ( Lohe aus Eichenrinde gewonnene Säure zum Gerben von Leder ) errichtet.
Zum Neujahr 1880 verkauft dieser die Mühle an den Müller Thomas Solterbeck, der sie in eine Kornmühle mit drei Mahlgängen umbauen ließ. Doch schon zwei Jahrzehnte später plant Solterbeck den Betrieb aufzugeben und die Mühle abzubrechen.
Doch nun tritt Julius Bergner ( Besitzer der Bergedorfer Eisenwerke, alter Standort heute Ludwig-Rosenberg-Ring ) auf den Plan. Zu Ostern 1899 kauft er kurzerhand die Mühle für 30.000 Mark und setzt Solterbeck als Pächter ein, weil er nicht auf den Anblick der Mühle verzichten wollte.

Nach dem Tode Bergners 1905 erbt der Sohn Felix Bergner die Mühle,der sie schließlich am 16.12.1909 an den Müller Heinrich Jürs und seiner Frau Frieda für wiederum 30.000 Mark verkauft.

1928 stirbt, kaum fünfzigjährig, Heinrich Jürs. Witwe Frieda Jürs ist, wie in solchen Kleinmühlen üblich, mit dem Mühlengeschäft vertraut und führt den Betrieb mit Hilfe ihres Neffen Paul Ibendorf ( gest. 1964 ) weiter.

1926 Einbau eines 25 PS Rohölmotors, für den Antrieb zweier Mahlgänge und einer Haferflockenquetsche.

Im Jahre 1934 besteht wieder akute Gefahr für die Mühle. Im Sturm bricht ein Flügel ab und beschädigt einen weiteren während des Sturzes, sowie die Galerie. Frieda Jürs plant den Windbetrieb aufzugeben, die Flügel und Kappe abzunehmen und den Rumpf zu einer Motormühle zu machen.

Am 16. Februar 1942 wird die Mühle unter Denkmalschutz gestellt, mit der Zusage, daß sich die Behörden um den äußeren Zustand der Mühle sorgen. 1943 wird bei der Bombardierung auf die Holzhandlung Behr durch die Druckwelle auch die Mühle in Mitleidenschaft gezogen, die Kappe verschob sich dabei, so daß ein Windantrieb nun gänzlich unmöglich geworden ist. Kreisleiter Schuster sorgt flugs für den Einbau eines Elektomotors, um die für die Versorgung in Kriegszeiten unentbehrlich gewordene Mühle in Betrieb zu halten. Die Flügel der Bergedorfer Mühle drehten sich also zuletzt 1943.

1967 trägt sich die nun vierundachzigjährige Müllerin mit Verkaufsabsichten, um sich endlich zur Ruhe zu setzen (sie verstarb am 8.10.1970).

Am 1.Januar 1969 geht das Anwesen in die Hände des Ahrensburger Kaufmannehepaars Henny und Richard Greiwe über, die in dem ehemaligen Müllerhaus einen Antikladen eröffneten. Ihnen ist es zu verdanken, daß die Mühle über Jahre trocken gehalten und das Inventar nicht veräußert wurde, wie es in anderen Mühlen üblich war. Aus Altersgründen trennten sich die Greiwes 1991 von ihrem Lebenswerk und verkauften das Anwesen an den Kaufmann Dr. Farhad Vladi.

Seit Anfang 1995 ist der Patentanwalt Kay Rupprecht Eigentümer des Mühlenanwesens, der im Oktober 1995 einen Mühlenverein gegründet hat, um die Bergedorfer Mühle zu restaurieren und sie so bald als möglich windgängig zu machen.

Seit dem 1. Januar 1997 ist der Bergedorfer Mühlenverein Pächter der Mühle.